Siseauditi ja välisauditi funktsioonide vahel on mitu erinevust, mis on järgmised:
Siseaudiitorid on ettevõtte töötajad, samas kui välisaudiitorid töötavad välises audiitorfirmas.
Siseaudiitorid võtab tööle ettevõte, välisaudiitorid määratakse aktsionäride hääletusel.
Siseaudiitorid ei pea olema CPA-d, samas kui CPA peab juhtima välisaudiitorite tegevust.
Siseaudiitorid vastutavad juhtimise eest, välisaudiitorid aga aktsionäride ees.
Siseaudiitorid võivad oma järeldusi väljastada mis tahes tüüpi aruandevormides, samas kui välisaudiitorid peavad oma auditi arvamuste ja juhtkirjade jaoks kasutama konkreetseid vorminguid.
Siseauditi aruandeid kasutab juhtkond, välisauditi aruandeid aga sidusrühmad, näiteks investorid, võlausaldajad ja laenuandjad.
Siseaudiitorit saab kasutada töötajate nõustamiseks ja muuks nõustamiseks, samal ajal kui väliseid audiitoreid ei tohi auditi klienti liiga tihedalt toetada.
Siseaudiitorid uurivad ettevõtte äritavade ja riskidega seonduvaid küsimusi, välisaudiitorid aga finantsaruandeid ja avaldavad arvamust ettevõtte finantsaruannete kohta.
Siseauditeid viiakse läbi aastaringselt, välisaudiitorid aga üheainsa auditi. Kui klient on avalik-õiguslik valdus, pakuvad välised audiitorid ka ülevaatamisteenuseid kolm korda aastas.
Lühidalt öeldes jagavad need kaks funktsiooni oma nimedes ühte sõna, kuid on muidu üsna erinevad. Suurematel organisatsioonidel on tavaliselt mõlemad funktsioonid, tagades seeläbi nende dokumentide, protsesside ja finantsaruannete korrapärase põhjaliku uurimise.
