Eelarve koostamisel ettevõttes on mitmeid puudusi, mis on järgmised:
Vajalik aeg. Eelarve koostamine võib olla väga aeganõudev, eriti halvasti korraldatud keskkonnas, kus võib vaja minna palju eelarve kordusi. Asjaomane aeg on väiksem, kui on olemas hästi kavandatud eelarveprotseduur, töötajad on protsessiga harjunud ja ettevõte kasutab eelarvestamise tarkvara. Ajakulu võib olla ebatavaliselt suur, kui on olemas osalusliku eelarvestamise protsess, kuna see süsteem hõlmab paljusid töötajaid.
Süsteemi mängimine. Kogenud juht võib proovida kehtestada eelarve lõtvust, mis hõlmab teadlikult tulude prognooside vähendamist ja kulude prognooside suurendamist, et ta saaks hõlpsalt saavutada eelarvega võrreldes soodsaid erinevusi. See võib olla tõsine probleem ja selle tuvastamiseks ja kõrvaldamiseks on vaja märkimisväärset järelevalvet.
Tulemustes süüdi. Kui osakond ei saavuta eelarves ette nähtud tulemusi, võib osakonnajuht süüdistada teisi talle teenuseid osutavaid osakondi selles, et nad pole tema osakonda piisavalt toetanud.
Kulueraldised. Eelarves võidakse ette näha, et teatavad üldkulude summad jaotatakse erinevatele osakondadele ja nende osakondade juhid võivad kasutatavate jaotamismeetodite üle vaielda.
Kuluta või kaota. Kui osakonnale on lubatud teatud summa kulutusi ja ei näi, et osakond kulutaks eelarveperioodil kõik vahendid, võib osakonnajuhataja lubada viimasel hetkel ülemääraseid kulutusi põhjendusega, et tema eelarvet vähendatakse järgmisel perioodil, välja arvatud juhul, kui ta kulutab kõik praeguses eelarves lubatud.
Arvestatakse ainult finantstulemustega. Eelarved on seotud peamiselt sularaha jaotamisega konkreetsetele tegevustele ja äritehingute eeldatava tulemusega - need ei tegele subjektiivsemate küsimustega, näiteks klientidele pakutavate toodete või teenuste kvaliteediga. Samuti ei hõlma see ettevõtlusega seotud riskide ülevaatamist. Neid muid küsimusi võib esitada eelarve osana, kuid seda tavaliselt ei tehta.
Strateegiline jäikus. Kui ettevõte koostab aastaeelarve, võib kõrgema juhtkonna meeskond otsustada, et järgmise aasta organisatsiooni keskmes on täielikult eelarves välja toodud eesmärkide saavutamine. See võib olla probleem, kui turg millalgi eelarveaasta jooksul nihkub teises suunas. Sel juhul peaks ettevõte eelarvest kinni pidades pigem turuga kaasa minema.
